TCGA_ID Days_Death Days_Followup tumor_grade tumor_stage residual_disease therapy_outcome neoplasm_status Tumor_Stage Residual_Disease Therapy_Outcome Neoplasm_Status Platinum-Based_Chemotherapy arraylet_6p+12p Arraylet_6p+12p_(Corr.) Arraylet_6p+12p/Tumor_Stage Arraylet_6p+12p/Residual_Disease Arraylet_6p+12p/Therapy_Outcome Arraylet_6p+12p/Neoplasm_Status arraylet_7p Arraylet_7p_(Corr.) Arraylet_7p/Tumor_Stage Arraylet_7p/Residual_Disease Arraylet_7p/Therapy_Outcome Arraylet_7p/Neoplasm_Status arraylet_Xq Arraylet_Xq_(Corr.) Arraylet_Xq/Tumor_Stage Arraylet_Xq/Residual_Disease Arraylet_Xq/Therapy_Outcome Arraylet_Xq/Neoplasm_Status Three_Arraylets_(Comb.) 6p+12p_Segment_1 6p+12p_Segment_2_(TNF/MAPK14/CDKN1A) 6p+12p_Segment_3 6p+12p_Segment_4_(PRIM2) 6p+12p_Segment_5_(RAD51AP1) 6p+12p_Segment_6 6p+12p_Segment_7 6p+12p_Segment_8 6p+12p_Segment_9 6p+12p_Segment_10_(SOX5) 6p+12p_Segment_11_(SOX5) 6p+12p_Segment_12_(KRAS) 6p+12p_Segment_13_(ITPR2) 6p+12p_Segment_14_(ASUN) 6p+12p_Segment_15 6p+12p_Segment_16 6p+12p_Segment_17 6p+12p_Segment_18 7p_Segment_1 7p_Segment_2 7p_Segment_3 7p_Segment_4_(RPA3) 7p_Segment_5 7p_Segment_6 7p_Segment_7 7p_Segment_8 7p_Segment_9 7p_Segment_10 7p_Segment_11 7p_Segment_12 7p_Segment_13 7p_Segment_14 7p_Segment_15_(POLD2) 7p_Segment_16 7p_Segment_17 Xq_Segment_1 Xq_Segment_2 Xq_Segment_3 Xq_Segment_4 Xq_Segment_5 Xq_Segment_6 Xq_Segment_7 Xq_Segment_8 Xq_Segment_9 Xq_Segment_10_(PABPC5) Xq_Segment_11 Xq_Segment_12 Xq_Segment_13 Xq_Segment_14 Xq_Segment_15 Xq_Segment_16 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No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.628892144 4.593915483 5.891721136 5.570201762 3.181741598 6.910660296 3.986328069 5.539978059 6.983694887 7.038246366 8.603430415 6.512196151 11.15154275 5.290571344 12.36503722 5.942294361 4.605859679 8.64126482 6.682414622 -1.090021597 -0.468259895 TCGA-04-1342 563 563 G2 IV >20_mm Progressive_Disease With_Tumor IV Yes No W Yes -0.309840031 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.081549388 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.012827769 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.50654863 4.6342065 5.631808072 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-0.794540832 Low Low/IV Null Low/CR Low/W 0.057203255 High High/IV Null High/CR High/W -0.025179975 Low Low/IV Null Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.737721844 4.690270213 5.551761645 4.107839315 4.961465415 7.177809878 4.07970401 6.703646459 6.413239505 5.643687664 8.470390154 6.34792589 11.28134163 4.975265476 13.09206218 5.672079007 4.576664937 8.928355454 6.209653309 -0.966490393 -0.566939697 TCGA-04-1350 1946 1946 G3 IIIC >20_mm Stable_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.019833271 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.090368794 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.00884151 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.190836084 4.912842568 5.650625152 6.790051137 4.290301833 7.793066247 4.771919102 7.180579823 7.21911548 7.937251589 7.860940329 4.695535749 12.34185337 5.341700073 12.27872399 5.7860975 4.608219111 4.70577165 4.961488848 Null Null TCGA-04-1364 1024 1024 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes -0.827133548 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.133017066 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.33221974 High High/III High/Yes High/No High/W B No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Gain 3.195793759 4.949191577 6.038422715 7.664512389 4.970838678 7.701955438 4.513939949 6.657134585 8.390544224 7.99502181 9.105649114 5.795675687 10.84493996 4.874433677 12.87147748 5.173001806 4.583142498 8.143958459 6.019734525 Null Null TCGA-04-1365 Null 2328 G3 IIIB Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes -0.060267858 Low Low/III Null Low/CR Low/W 0.020737391 High High/III Null High/CR High/W -0.000434044 Low Low/III Null Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.281684442 4.497517481 6.252736597 6.954977677 3.478906108 8.352740826 4.307524499 6.815580502 8.840673252 6.954065287 8.934114842 5.880296516 12.12612536 5.243556369 13.75377439 5.847197946 4.585333136 8.95637136 6.454584203 Null Null TCGA-04-1514 1720 1720 G2 IIIA No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes -0.08168232 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.063743758 High High/III High/No High/CR High/WO 0.000946581 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.271954372 5.022940396 6.428914596 7.569574268 4.736847712 8.253004477 3.748521892 7.240156031 7.586060822 7.001301837 8.655361918 5.207952102 10.16132881 4.70905834 12.69548349 5.271105902 4.619946784 7.023944303 5.051793571 -1.032001182 -1.113702467 TCGA-04-1525 1167 1167 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.509523972 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.198466458 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.029174912 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.331022431 4.476332255 7.084539657 6.126769686 4.032522676 9.231976557 4.898822408 7.416993464 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TCGA-09-0366 1756 1756 G3 IIIC 1-10_mm Stable_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.023839393 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.024789017 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.103451886 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.241886293 5.964925404 6.296628774 4.935932067 3.373309252 9.041009703 4.704836192 6.802788689 8.557146388 6.607847488 9.404055821 5.89369977 12.35473827 5.604507769 13.87687095 6.136004645 4.626003345 10.24976639 8.580551942 Null Null TCGA-09-0367 546 546 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.022791967 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.474707316 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.533026885 High High/III High/Yes High/No High/W B Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA 3.836019718 5.564924795 5.033720073 5.292761701 3.825915477 8.062040701 4.879075675 6.840614095 9.071957219 7.184783049 9.331887346 5.162480471 12.04269219 5.767933757 14.07222899 6.513662835 4.661987775 7.426463064 6.336031761 Null Null TCGA-09-0369 1081 1081 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes 0.56108645 High High/III High/No High/CR High/W -0.057101679 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.484022654 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA 2.985688136 4.852582942 5.272380048 6.472071036 3.671956286 8.734606989 6.114232744 7.407919536 8.591811764 7.665175414 7.979689729 5.11261724 11.99235837 5.38539978 13.68522899 5.436176496 4.615894236 6.209006535 5.361879179 Null Null TCGA-09-2049 Null 3418 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.294157243 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.307386563 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.439152808 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA 3.180615028 4.940050349 4.730290388 6.287225529 4.430350583 7.725387686 4.369189959 6.956046057 7.116822711 7.518485199 8.861786538 5.789689827 11.2369996 5.091283046 13.62430814 5.811750963 4.662330117 5.977075662 4.782502868 -1.186458686 -0.969279283 TCGA-10-0926 788 788 G3 IIIC 11-20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.737964423 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.021704445 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.00725662 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.32349009 4.789917554 6.368639937 7.958300033 5.690902225 10.36109375 4.228909531 8.514991133 8.542374208 7.626628113 8.576371549 5.160553391 12.37252893 5.863401945 14.52188303 6.711412473 5.225521424 6.759017798 6.183099773 -1.130349058 -1.163399777 TCGA-10-0927 2490 2478 G2 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.685209348 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.103534885 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.34189859 High High/III High/Yes High/CR High/W C No_CNA No_CNA No_CNA Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.243972797 5.72198677 5.155372595 7.286984508 3.660520101 8.662326001 4.40775607 8.655911281 8.173674849 7.372513062 8.458103802 5.171201436 10.75260997 5.109653445 12.54522087 5.624433787 4.655164004 4.570292193 5.238138385 Null Null TCGA-10-0930 1040 1011 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.513423213 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.28681743 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.675797373 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA 4.665682782 4.789991658 6.302637111 5.79157647 3.773222932 7.641038538 3.938473708 7.940783238 7.691724141 7.221272478 8.583554193 5.540628001 11.41897259 5.305642059 13.20585327 5.988646553 4.610380828 5.347034449 5.843203921 Null Null TCGA-10-0934 203 118 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes -0.137548321 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.142397144 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.035955586 High High/III High/Yes High/No High/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.147014204 5.231287697 5.257003917 6.36559838 4.275718442 7.7983564 3.680791739 8.220602397 8.077379692 7.317584573 10.58145599 5.435762976 11.63680207 5.524449998 13.43410651 6.047318986 4.64387338 8.174494889 6.80573958 Null Null TCGA-10-0935 1077 1077 G3 IIIC 1-10_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes 0.093082944 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.622792788 High High/III High/Yes Null High/W -0.064878391 Low Low/III Low/Yes Null Low/W B No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.645409636 4.769884846 5.208765569 6.770920324 4.570799575 7.790446045 4.717438174 6.922480874 5.287667576 6.220986835 7.898419638 5.640367164 11.14799753 4.953948743 13.37624617 5.944888605 4.625915627 5.49046471 5.935990567 Null Null TCGA-10-0938 636 604 G3 IIIC >20_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.479483206 High High/III High/Yes High/No High/W 0.159798488 High High/III High/Yes High/No High/W 0.023696588 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss 3.212716636 4.833828577 6.947259879 9.062181715 5.728761302 8.58239814 6.671856109 7.980072183 7.685956492 6.668040966 7.99639694 6.106878395 13.16771761 6.037736447 14.78371291 6.615803681 4.611351863 6.547055142 5.518090204 Null Null TCGA-13-0717 748 748 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.444310905 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.083665149 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.025976575 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.334562999 5.034889281 5.690573626 6.652186871 4.073588684 7.796248192 4.515793544 7.372025171 9.011497368 7.844221404 7.921525901 5.202229999 11.46270125 5.17216934 13.83763536 5.874675486 4.780574606 5.146863523 5.251848234 Null Null TCGA-13-0724 83 83 G3 IV 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor IV Yes No W Yes -0.636981503 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.003226039 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.182400633 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.589484626 4.706125517 5.480516828 5.160632689 4.238055246 7.450871053 3.792519452 5.767006713 6.862026612 6.66117474 8.727879022 5.814222008 11.71162115 5.098844802 13.73858601 5.940737027 4.610813466 6.164407951 5.378493291 Null Null TCGA-13-0725 377 377 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.262846851 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.007034221 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.543471438 High High/III High/Yes High/CR High/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain 3.031108859 5.317947056 5.288637014 6.46825711 3.376950579 8.213233144 4.923219838 7.221462777 8.499739706 7.172615358 9.801910304 5.776826009 10.91439772 4.721980179 13.4382684 4.724281038 4.567997932 10.28144942 8.270530386 -0.800185593 -0.981364161 TCGA-13-0726 948 945 GX IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.066998991 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.113128766 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.500254013 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.462453345 4.439643985 5.172621919 4.316110246 4.188747895 8.24183859 3.845206237 6.294934797 8.054315491 6.281329713 8.77996717 5.950814068 11.38213263 4.697294787 13.76569659 4.900572654 4.592097289 7.789714903 6.203987726 Null Null TCGA-13-0727 462 462 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.541526725 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.150546845 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.074250585 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.641791031 4.568412753 5.057744553 6.002815702 3.800568569 8.215142809 4.168790693 6.926083126 6.903670333 6.696715645 8.887386023 5.40698054 11.26270206 5.059285438 14.30860445 5.840341302 4.605214331 7.315918984 6.323401694 Null Null TCGA-13-0730 541 541 G3 IIIC >20_mm Null With_Tumor III Yes Null W Null 0.715097903 High High/III High/Yes Null High/W -0.103745931 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.039490299 High High/III High/Yes Null High/W C Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.491125969 4.264412103 5.874052391 7.969611363 3.379887833 10.13615505 4.200970424 8.242790907 8.213177065 6.79833059 8.190069554 5.641317498 11.5760425 5.183684426 13.3074196 5.654638427 5.133851431 7.96233813 6.557790756 Null Null TCGA-13-0751 1678 1678 GX IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.231391306 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.279807125 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.027742624 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.438402911 4.640507423 5.471159318 5.018334505 4.313946701 7.371047829 4.238008437 8.186785116 6.392025711 7.147796652 8.003139736 5.591433636 12.01200728 5.43835763 13.88632904 6.180306462 4.660749206 7.723154892 6.434671554 Null Null TCGA-13-0758 346 346 G3 IV 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes 0.535575333 High High/IV High/Yes High/No High/W 0.418391826 High High/IV High/Yes High/No High/W -0.033930292 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.294863581 4.946557045 6.038518166 6.845748546 3.748084517 8.735434239 3.921563401 7.41925325 8.179805849 6.805374387 8.14066535 6.145365373 12.09034286 5.087533189 13.37593384 5.380512255 4.640572013 7.671925058 5.918119128 Null Null TCGA-13-0760 351 351 G3 IV No_Macroscopic_Disease Null Null IV No Null Null Null 0.257956807 Low Low/IV Low/No Null Null 0.534092872 High High/IV High/No Null Null 0.120696836 High High/IV High/No Null Null A Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Gain Gain Null Null Null Null Null Null Null Null Null Null Null 5.448310647 11.9429216 4.828997799 13.95420421 5.067663425 4.612675879 8.200953355 7.557861191 Null Null TCGA-13-0761 Null 1036 G3 IV No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor IV No CR W Yes -0.311487899 Low Low/IV Low/No Low/CR Low/W 0.023040501 High High/IV High/No High/CR High/W 0.225184334 High High/IV High/No High/CR High/W A Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 6.188946304 5.437408445 7.520211016 5.338444241 3.623958941 7.930511859 3.527418659 7.145234997 8.531264128 6.956027706 9.195517895 5.289884756 10.81702417 5.044337645 12.92181044 5.475210198 4.597299977 9.275673035 6.887716515 Null Null TCGA-13-0762 Null 981 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes 0.356457674 High High/III High/No High/CR High/WO -0.042889156 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.313055088 High High/III High/No High/CR High/WO C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 3.900214721 4.737653773 4.674475483 4.940624736 5.946939819 8.471353343 4.075999552 7.122912178 5.7051662 6.603916739 8.779974182 6.587804361 12.18701438 5.796475669 14.2831594 6.701197166 4.622110123 5.131114498 5.685056924 Null Null TCGA-13-0765 Null 869 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.645644224 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.046559085 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.031645999 High High/III High/Yes High/CR High/W C Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 5.023482296 4.464359408 4.536049034 4.467364373 3.55212507 8.795494238 4.160179651 6.340266574 8.599084818 7.264740382 8.509152324 5.961100099 11.26665343 5.342167284 13.36050074 5.966610182 4.643443304 7.32741803 5.677470395 Null Null TCGA-13-0791 Null 1184 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes -0.029388481 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.210894311 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.065785957 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA 3.665605588 4.584800828 5.623991304 5.512110861 3.415070434 6.586563459 4.20891601 6.089162566 7.01195421 6.894146649 8.221052939 5.116295782 12.73296384 5.244449532 14.55153446 5.462649877 4.576178809 5.267802933 6.155887724 Null Null TCGA-13-0792 Null 1117 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes 0.673876679 High High/III High/No High/CR High/W -0.289429056 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.635424855 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss 3.827990106 4.679549039 5.638593454 6.57790245 3.508697527 8.596923362 5.757235765 8.917336566 8.461175906 6.268431062 8.004602474 5.286508664 12.40767597 5.708866263 14.30477263 6.112062914 4.596247215 8.565913818 6.160127352 Null Null TCGA-13-0794 Null 923 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.14685713 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.186679304 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.255551771 High High/III High/Yes High/CR High/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain No_CNA 3.133904006 5.248717765 6.728352566 7.092931628 3.267243326 8.546298905 4.086040633 7.322172977 9.156990507 6.817794927 9.686911143 5.980190904 11.81819193 5.382492557 13.97256493 5.83040351 4.602505984 6.223960356 5.22237281 -1.581335076 -1.027875391 TCGA-13-0801 Null 252 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes -0.060478747 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.521260925 High High/III High/No High/CR High/WO 0.435295216 High High/III High/No High/CR High/WO A Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.840728662 5.541205587 5.36991053 6.734501249 3.542877657 7.795258094 3.788741429 6.908411496 8.096197668 7.361528062 9.225806705 5.714094616 12.56098276 5.838047106 14.67442712 5.355750146 4.571493347 7.471735139 6.271691221 -1.161831236 -1.201882789 TCGA-13-0802 Null 249 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes 0.383330415 High High/III High/No High/CR High/WO -0.101190278 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO -0.047618685 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.867011438 5.22999712 4.893697863 6.976519374 4.521377709 8.847531389 3.574172649 7.27784897 7.846149548 7.081751439 7.73067992 5.522212253 11.3777111 5.192418937 12.98540942 5.684951965 4.55266944 5.806840957 4.902583409 -1.094041156 -0.935783666 TCGA-13-0803 1333 1333 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes -0.307418359 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.11448825 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.045608334 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.554658873 4.287121514 5.720927033 4.673175666 4.131524793 7.255292279 4.433420018 6.361877129 6.78541525 7.690388836 8.54515114 5.294572958 11.57236924 4.900807388 13.35948379 5.436978603 4.597269142 4.738659941 5.199707589 Null Null TCGA-13-0805 1074 1073 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes -0.047808541 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.064462325 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.010055348 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.305654186 4.897970795 5.958314903 5.405562196 3.330645304 7.524860782 3.761065123 6.812091501 8.351805718 6.753800774 8.426920412 5.211423479 11.66490882 5.55651163 13.4853789 5.610616586 4.674273295 7.306363612 6.065768727 Null Null TCGA-13-0807 414 414 G3 IIIC >20_mm Null Null III Yes Null Null Yes 0.074369977 Low Low/III Low/Yes Null Null -0.161513284 Low Low/III Low/Yes Null Null 0.509806513 High High/III High/Yes Null Null B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain 3.773810785 4.828402853 6.230017796 6.063881195 4.703504948 9.06328579 4.937049942 7.03529296 7.376828996 7.268676914 8.525653543 5.194856227 10.86906166 4.866590981 12.83830012 5.115558136 4.63147506 6.823053732 6.149959038 Null Null TCGA-13-0883 2096 2096 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.344375189 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.282628859 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.740794217 High High/III High/Yes High/CR High/W A Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain 3.788441547 4.393337165 5.012059955 7.02259132 6.586210669 9.250213397 4.791203934 8.487254557 6.113853741 7.129305031 10.24968494 5.181921683 12.39104048 5.962046012 14.53355964 6.871480922 4.714840127 7.38573512 6.683447902 Null Null TCGA-13-0885 Null 2780 G3 IIIC 11-20_mm Complete_Remission Null III Yes CR Null Yes 0.117561167 Low Low/III Low/Yes Low/CR Null 0.350639389 High High/III High/Yes High/CR Null 0.092621138 High High/III High/Yes High/CR Null A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.881865828 4.982385066 4.847334201 6.943021717 3.569173367 8.513498225 4.59076943 8.614746121 7.498962146 7.249120978 9.561010758 5.280075196 11.6825398 5.342580266 13.89048055 5.789277175 4.633048064 9.23480363 8.149082367 Null Null TCGA-13-0888 Null 2141 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Partial_Remission Tumor_Free III No No WO Yes 0.254907547 Low Low/III Low/No Low/No Low/WO -0.20450152 Low Low/III Low/No Low/No Low/WO 0.339390591 High High/III High/No High/No High/WO B No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain 3.18864287 4.679945857 5.406605967 6.935420648 5.371586433 9.184011933 4.438143601 7.384298542 7.798127549 7.60742322 8.378991851 5.196623826 11.84431265 5.187902825 13.80859846 5.680397063 4.86196147 4.822634954 5.230940562 -1.574190901 -1.080813877 TCGA-13-0891 Null 2099 G3 IV No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor IV No CR W Yes -0.452171917 Low Low/IV Low/No Low/CR Low/W 0.131693334 High High/IV High/No High/CR High/W 0.146923201 High High/IV High/No High/CR High/W A No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA 3.224731993 4.823675789 5.215893025 7.697995283 5.067770293 8.06964332 5.036077168 6.65252608 7.603769852 7.523493161 9.163753312 6.620267487 12.52819082 5.432670546 14.00967855 5.931199811 4.603770534 7.298462714 6.458062707 -1.229688735 -1.01758579 TCGA-13-0897 Null 1748 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.299488916 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.263701785 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.348850773 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.010856557 6.162159109 7.62482122 6.92928776 3.256390115 8.199214925 4.211909083 7.107946878 7.683600237 6.226058165 9.635463064 5.203247358 11.10789897 5.23471388 13.26396792 5.666772662 4.59546668 10.04524473 7.397296793 -0.906916098 -1.006833642 TCGA-13-0899 Null 1708 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.677948823 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.282737199 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.03193074 High High/III High/Yes High/CR High/W B Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA 3.838157514 5.100813741 5.833142571 8.207361582 3.982481076 8.987771259 4.516544174 7.792776297 7.835066673 7.538456803 8.87152703 5.675722076 12.79072819 5.666248511 14.43959488 6.371635817 4.606323959 6.042637038 6.047247364 -1.198202656 -0.717205705 TCGA-13-0900 Null 1736 G3 IIIC Null Complete_Remission Tumor_Free III Null CR WO Yes 0.100047436 Low Low/III Null Low/CR Low/WO 0.541129467 High High/III Null High/CR High/WO -0.003433537 Low Low/III Null Low/CR Low/WO B Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.133948989 4.535938723 6.377311029 7.599807762 3.61466649 8.377823476 3.750483024 6.961549758 7.384053175 7.571554535 9.023188016 6.124181775 11.47012014 4.812047757 13.22896163 5.177729285 4.665280437 7.8900042 6.509847349 Null Null TCGA-13-0901 Null 589 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.229762706 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.025822917 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.323296101 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.833096716 4.738990369 5.813272632 7.944801677 4.286603022 8.100291145 4.276717093 7.392942322 7.486713273 7.182199134 7.995369252 6.873804234 12.72289355 5.444609297 14.27428674 6.206328994 4.60990157 5.063341225 5.128351547 -1.631480747 -0.390265209 TCGA-13-0905 Null 1455 G3 IIIC Null Complete_Remission Tumor_Free III Null CR WO Yes 0.232336187 Low Low/III Null Low/CR Low/WO 0.012547884 Low Low/III Null Low/CR Low/WO 0.036459585 High High/III Null High/CR High/WO B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.073676771 4.602940756 5.940326234 6.791696785 4.185340054 8.745934107 7.032987702 7.684802223 8.050785285 7.78579886 8.736420822 4.918313669 12.01817402 5.385406891 13.58328427 6.144401117 4.617267534 8.907047409 6.636394503 Null Null TCGA-13-0912 Null 1036 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes 0.413792507 High High/III High/No High/CR High/W -0.013463626 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.063049974 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 4.265013915 4.369652455 5.68503683 8.598685222 4.465676376 11.75686922 4.127126257 7.628509174 6.939901808 7.396786759 8.971414097 5.552529491 12.93042829 5.916023795 14.78910507 6.694637384 4.625966318 5.915216296 5.595742019 Null Null TCGA-13-0923 Null 195 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes 0.378207308 High High/III High/No High/CR High/WO -0.223305636 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO -0.395413316 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.443720854 5.822259809 6.288727685 7.350984085 4.587294878 9.145629167 6.158394426 9.152809518 8.567588726 7.682119016 8.986794858 6.035394474 12.35227396 5.569512962 13.9085719 6.090084565 4.624592834 7.12142474 6.050908064 Null Null TCGA-13-0924 Null 185 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes -0.500394164 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO 0.503787884 High High/IV High/Yes High/CR High/WO 0.252146557 High High/IV High/Yes High/CR High/WO A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 3.41679946 6.229358074 6.476484301 7.504828078 3.556930247 8.379271401 5.977846492 8.050938194 7.625586118 7.783828347 10.13173374 5.56859807 11.17021377 5.147265899 13.19023591 5.183741886 4.603401222 9.161570263 7.672106758 Null Null TCGA-13-1409 Null 208 G3 IIIC 1-10_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.339380499 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.091524643 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.790568271 High High/III High/Yes Null High/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain 3.299032177 4.735093622 4.899781461 5.679396123 3.333122039 7.795493643 3.778691579 7.171968084 7.211989413 7.544415369 8.899555425 6.698344577 11.03479399 5.299668666 13.32437146 6.358160401 4.77267997 6.240305627 5.938938792 -1.355207305 -0.784858849 TCGA-13-1410 Null 143 GX IV Null Complete_Remission Tumor_Free IV Null CR WO Yes -0.118046456 Low Low/IV Null Low/CR Low/WO -0.129777871 Low Low/IV Null Low/CR Low/WO 0.036859791 High High/IV Null High/CR High/WO B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.351797902 5.494638329 5.949403913 7.080038562 3.772583396 7.400272432 3.843685516 6.132010303 8.289716952 7.85597996 8.320452555 7.486534803 11.31459415 5.292633837 13.14637489 5.401358603 4.739428426 5.049839687 5.06553141 -1.076331247 -0.809237354 TCGA-13-1412 Null 162 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes -0.481375263 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO 0.365017523 High High/IV High/Yes High/CR High/WO 0.503889912 High High/IV High/Yes High/CR High/WO A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain 4.237117161 4.396162739 5.911607218 5.072260039 3.679583722 8.083949149 4.221087908 6.082086817 6.329875428 6.780128618 9.829629452 4.315800008 11.81401314 5.463524769 13.75724575 5.845282461 4.572007998 8.138679572 7.505599252 -1.033451527 -1.143508163 TCGA-13-1477 1661 1661 G2 IV 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor IV Yes No W Yes -0.457988249 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.046069196 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W 0.030840305 High High/IV High/Yes High/No High/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.266989939 4.427738669 6.967921472 5.803506424 4.708703137 7.918367751 4.700766289 6.912073865 6.779272399 6.685979155 8.919005319 6.43805155 11.67126008 5.118903033 13.63357812 5.431153694 4.615875463 5.366487919 5.001148658 -1.140998033 -0.653989548 TCGA-13-1482 1877 1877 G2 IV >20_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes -0.054133649 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.273694974 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W 0.329405153 High High/IV High/Yes High/No High/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 3.275180913 4.856494869 5.811894796 6.752161641 4.634253038 8.045978741 5.35454668 7.376770717 8.533899067 7.804126687 9.286885975 6.56900513 11.11766415 5.001044802 11.49299571 4.987845363 4.528389956 8.56417764 6.56566935 -1.172204714 -0.267156698 TCGA-13-1484 Null 2982 G3 IIIC Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes -0.529188539 Low Low/III Null Low/CR Low/W 0.025420119 High High/III Null High/CR High/W 0.039807267 High High/III Null High/CR High/W A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.392234869 4.781346605 5.47937804 6.860825557 4.011068713 8.083517308 4.320519213 7.405511948 7.837778437 7.526887346 8.088065181 5.962292756 11.70750016 5.004536456 12.33443897 5.392372417 4.671633891 6.471983367 4.842488405 -0.958561796 -0.05961915 TCGA-13-1485 629 629 G2 IV 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes 0.560365822 High High/IV High/Yes High/No High/W -0.081850205 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W 0.001806509 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.183319469 4.688055828 8.516858044 5.780518242 4.02126484 8.254198076 4.799223708 7.20567887 7.273993034 6.771982655 8.911854135 6.25314378 11.44015477 4.841380146 13.99259882 4.265363937 4.862265682 4.860884661 5.622973869 Null Null TCGA-13-1488 2154 2154 G3 IV 11-20_mm Complete_Remission With_Tumor IV Yes CR W Yes -0.623030685 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/W 0.248987756 High High/IV High/Yes High/CR High/W 0.348931692 High High/IV High/Yes High/CR High/W A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 4.758427069 4.961826242 5.428821845 6.321287765 3.918834128 8.038965192 4.185547552 7.238785629 7.429057288 7.017634375 9.646544648 6.114565871 11.49102015 4.95731304 11.95574079 4.842655046 4.658447989 7.188531601 6.158654789 -0.633198409 -0.059322056 TCGA-13-1492 Null 2237 G3 IIIC Null Complete_Remission Tumor_Free III Null CR WO Yes -0.041107822 Low Low/III Null Low/CR Low/WO -0.14543217 Low Low/III Null Low/CR Low/WO 0.040994053 High High/III Null High/CR High/WO B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.471440051 5.120420147 5.543573269 8.166564754 3.325542903 8.63327974 5.331769284 6.952634884 7.987722693 6.991243555 8.997459645 6.679072871 11.68573808 5.247673278 13.20906363 5.631365762 4.662486094 4.852315519 4.893126108 -0.956434632 -1.388544126 TCGA-13-1495 Null 1497 G2 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.670898505 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.112924402 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.400087922 High High/III High/Yes High/CR High/W C Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain 3.511379276 4.581693078 5.019535756 7.229227942 5.960666436 9.270263384 4.931557028 7.943889443 7.921108714 6.972491852 10.14984711 5.156069334 12.3790902 5.198229543 13.90688915 6.238695028 4.614489658 10.656012 7.706594128 -0.938775387 -0.533745712 TCGA-13-1496 129 129 G3 IIIC >20_mm Null Null III Yes Null Null Yes -0.43051103 Low Low/III Low/Yes Null Null -0.046913182 Low Low/III Low/Yes Null Null 0.006406425 Low Low/III Low/Yes Null Null C No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.020102172 5.1059972 5.57909538 6.611206639 4.146858254 8.38081245 3.649449272 7.087504602 8.731978568 6.925281602 9.501630089 6.043093642 11.75244199 4.983426154 13.6557439 5.621206143 4.60564505 8.569783739 6.459031826 -1.044340932 -0.147566787 TCGA-13-1501 Null 999 G3 IV >20_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes 0.500479961 High High/IV High/Yes High/No High/W 0.169411157 High High/IV High/Yes High/No High/W 0.033569776 High High/IV High/Yes High/No High/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.210628393 4.477151262 5.020676672 7.3609344 5.165019522 8.277328128 4.905956267 7.226053313 6.876555353 7.463966951 9.436379868 5.15902447 12.64873757 5.659027398 14.5033281 5.74908429 4.599992038 8.325820311 6.956214323 -1.166235943 -0.727147029 TCGA-13-1506 Null 134 G3 IIIC Null Complete_Remission Tumor_Free III Null CR WO Yes 0.78032687 High High/III Null High/CR High/WO -0.016566369 Low Low/III Null Low/CR Low/WO 0.048122224 High High/III Null High/CR High/WO C Loss No_CNA No_CNA Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.398221789 4.705700193 5.328843222 8.932361743 3.906104673 9.289591449 4.195269917 8.626594027 8.87481001 7.084406165 9.146159688 5.568509893 11.47977526 5.288330162 13.49673879 5.649470076 4.636718491 6.838998203 6.121682176 -1.530476929 -0.744080027 TCGA-13-1817 1024 1024 G3 IIIC >20_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes -0.419133856 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.059168507 High High/III High/Yes High/No High/W -0.015849851 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W B Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.385605057 5.287486659 6.501292355 6.493349868 3.462812648 7.630059889 4.326900546 7.152209011 8.550779189 7.481482768 8.922818744 5.182199613 11.0809636 4.906241818 13.2422907 5.151549682 4.609688213 6.914095914 5.882088259 -0.709280091 -0.410090956 TCGA-13-2057 Null 433 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes 0.523501352 High High/III High/No High/CR High/WO -0.601550682 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.413074675 High High/III High/No High/CR High/WO C Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss Loss Gain Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.473254009 4.533015148 6.143892147 5.668330044 4.159888424 7.978829054 5.100808449 7.169903293 7.501054071 7.7985514 8.807873725 4.50418359 13.03047236 5.781090883 15.10684351 6.582850906 4.628646308 6.243886564 4.988621124 Null Null TCGA-13-2060 Null 261 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes -0.161080855 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO -0.034896226 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO -0.477841887 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA 3.258673852 5.600218733 6.096184314 7.104070806 3.606222426 8.32792099 4.301988996 7.728917168 8.065931471 7.417267808 8.012224868 5.824121238 12.06925431 5.479794779 13.66411167 6.313693701 4.624040294 7.543155885 6.868689905 -1.145158032 -0.609964108 TCGA-20-0987 701 701 G3 IIIC 1-10_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.569655799 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.052469593 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.077233999 High High/III High/Yes Null High/W B Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.430236354 6.131291319 6.662234499 5.213380599 3.78308806 7.48822225 4.122573521 6.591898372 8.083981925 6.116184501 8.393630969 5.171768262 10.93750471 4.980137937 13.55725772 4.926949573 4.611146894 8.455635021 8.572319974 Null Null TCGA-23-1022 1511 1293 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.259508233 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.33739258 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.325804385 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA 3.483354275 4.512282094 4.577560674 6.131314087 3.499795169 8.163586109 3.980091452 7.423694662 6.079189338 6.459654491 7.903885982 4.936729518 10.27491761 4.969408147 12.31456332 5.372844458 4.625596953 5.996238887 5.501834387 Null Null TCGA-23-1023 Null 1233 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.546365572 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.390682675 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.031609822 High High/III High/Yes High/CR High/W A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.040401155 5.599472515 6.955023427 6.767449276 3.529351218 8.012002618 4.029108473 6.966208726 7.242857832 7.739472262 8.602520542 4.838377925 10.36304473 4.98796821 12.84736774 5.232525549 4.638414235 6.890737695 5.773425385 Null Null TCGA-23-1024 Null 468 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes 0.46127811 High High/IV High/Yes High/CR High/WO -0.087149907 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO 0.043720301 High High/IV High/Yes High/CR High/WO C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.365833692 4.735996284 5.407906314 7.779436529 3.368535902 8.198918738 4.734020104 8.910728176 8.179510358 7.796661407 8.240990425 5.52842604 12.69113596 5.790659536 14.60571076 5.942378072 4.607130307 4.737407803 5.240845548 Null Null TCGA-23-1027 975 965 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease Null III Yes No Null Yes -0.152494007 Low Low/III Low/Yes Low/No Null 0.339122203 High High/III High/Yes High/No Null 0.72588959 High High/III High/Yes High/No Null A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain 4.968238581 4.950333495 5.381325371 7.11562157 3.801389352 7.785606918 4.117093425 7.150246219 7.387064267 6.997036621 8.593273027 5.469329847 11.85521897 5.720957711 14.02351547 6.200942069 4.607998221 8.53979053 6.883191854 Null Null TCGA-23-1031 574 574 G3 IV 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes 0.056068143 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.278259806 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.067641446 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA 4.414171909 5.207076449 6.207272801 7.950946953 4.233247662 8.154942153 4.365869326 7.282085477 7.880652415 6.675850243 7.943152048 5.114441994 12.29486336 5.644503295 14.2558625 6.431946815 4.574441705 7.867469781 6.289575361 Null Null TCGA-23-1113 949 949 G3 IV 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes 0.653474622 High High/IV High/Yes High/No High/W -0.122956886 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W 0.009022198 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.506079691 4.321696519 5.566938616 7.104616508 4.386911836 8.648010038 4.34524483 7.212076717 7.97421422 6.991979176 8.48841375 5.681082449 12.3672408 5.557420301 13.79548355 6.069483648 4.579217814 5.414776267 5.0425192 Null Null TCGA-23-1116 Null 139 G3 IIIC >20_mm Null Null III Yes Null Null Yes 0.152432042 Low Low/III Low/Yes Null Null -0.026341351 Low Low/III Low/Yes Null Null 0.018789653 Low Low/III Low/Yes Null Null C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.391825567 5.376195355 6.347804766 6.154082893 4.24088768 10.99781563 5.628872013 9.675164642 7.828669754 6.615550615 8.717041073 6.489311859 12.2137661 5.360933049 13.68264586 5.921630809 4.590199034 8.058625929 6.166007395 Null Null TCGA-23-1120 Null 130 G3 IIIC 1-10_mm Null Null III Yes Null Null Yes -0.843003875 Low Low/III Low/Yes Null Null 0.24229327 High High/III High/Yes Null Null 0.088929698 High High/III High/Yes Null Null A No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.045668521 5.068481615 6.01634805 5.051100549 4.003197224 6.659590063 3.618415862 5.53665239 7.238448037 6.976237387 8.009435177 5.287459781 10.41044668 4.847503121 13.41294904 5.181009132 4.550863109 6.951539525 6.361611831 Null Null TCGA-23-1123 1018 1018 G3 IIIC 11-20_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.418954614 High High/III High/Yes High/No High/W -0.147651749 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.111749223 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.473646302 4.681702959 5.881004798 7.667398749 3.737904898 7.671258572 4.804661027 6.60133532 8.218604621 7.05588413 7.993281442 7.132571918 12.07479234 5.257567081 13.87359188 5.908516093 4.604979047 4.72307846 4.883360775 -1.127930537 0.107832552 TCGA-23-1124 1768 1768 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes 0.118325452 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W 0.295255475 High High/III High/No High/CR High/W -0.633711156 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss 5.046773314 4.395302049 5.610801377 5.33438896 3.981307361 7.419010413 4.419779429 6.016494961 7.321467108 7.134202248 9.213001102 6.331440859 12.68134209 6.025736193 14.42876552 6.721548936 4.619286424 7.333442154 6.396442229 -1.683531381 -0.439141435 TCGA-23-2647 Null 135 G3 IIIC 1-10_mm Null Null III Yes Null Null Null 0.511371734 High High/III High/Yes Null Null 0.00934068 Low Low/III Low/Yes Null Null 0.010190258 Low Low/III Low/Yes Null Null C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.292807329 5.086300985 6.689990189 6.974191634 4.334326759 8.513959098 4.412027977 7.208798902 6.793110017 6.058678158 8.191736229 5.214122651 11.72899855 5.506128811 13.8015453 5.685846936 4.581577793 8.467921677 6.692619928 -1.14097999 -0.995402981 TCGA-24-0966 Null 232 G3 IIIC >20_mm Stable_Disease With_Tumor III Yes No W Yes -0.326185388 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.13713308 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.006870595 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.357650392 5.226681037 6.273741257 5.189825464 3.606267616 7.865500704 5.926075071 7.389376111 8.349713306 7.619131313 8.80615536 5.800337678 10.54443862 4.834086487 12.73654124 5.361533479 4.635492573 7.375798399 5.989024557 -1.302928564 -0.5823496 TCGA-24-0970 354 354 G3 IIIC >20_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.170919672 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.598940787 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.01668067 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.488282939 5.28647062 6.148545318 7.748984923 4.833069299 8.403667801 4.215429907 6.988245904 8.145682181 6.746955554 8.750398377 5.682228757 11.90398918 5.084995228 13.74295506 5.611577257 4.589120655 5.613920475 5.520761684 -1.285530921 -1.107691241 TCGA-24-0975 663 663 G3 IIIC 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.086500495 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.129597141 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.026031818 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.30008006 4.869660577 6.27335611 6.275082849 3.660404654 8.027956265 4.513349789 6.814955564 8.432757498 7.215008277 9.187671483 5.008877988 10.04772853 4.839923403 12.34589138 5.10395916 4.621201484 7.827513059 6.86305837 Null Null TCGA-24-0982 679 679 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.167956907 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.031996477 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.037936645 High High/III High/Yes High/CR High/W A No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.527481898 4.619587861 4.954699344 6.189267473 5.125869992 8.425076161 3.80038115 7.159946459 6.943719927 6.142665515 7.670555225 5.500455835 11.45482352 5.133229117 13.54759158 5.623267732 4.624050536 6.579120272 5.577121856 -1.58083391 -0.40003597 TCGA-24-1103 1645 1645 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.360240836 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.670740812 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.081844072 High High/III High/Yes High/CR High/W C Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.253712187 5.16899416 6.214100894 7.093238138 3.384203668 8.122647293 4.262867917 7.74359869 8.971990601 6.333036027 9.248758584 5.342685302 11.3412672 5.134596406 13.47350384 5.674456148 4.671367931 7.358159227 5.784953615 -1.245769253 -0.884047945 TCGA-24-1413 Null 192 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes -0.259242782 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO -0.093777695 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO 0.025816306 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.444859572 5.344660952 6.874917016 6.066558303 4.00907393 7.454373978 3.839687433 7.130863684 7.338271621 6.885972427 8.511162322 5.598379019 11.60173094 5.229671081 13.48022793 6.024960799 4.570585579 5.740970056 5.311490153 Null Null TCGA-24-1416 Null 194 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes 0.703097976 High High/IV High/Yes High/CR High/WO -0.039490146 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO 0.005486868 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.284073019 4.526304848 6.067986385 6.857352801 4.003765629 8.148015829 5.487366323 7.109129709 8.524729052 7.253681317 9.064679456 5.312555712 12.13615596 5.221926328 14.04388835 5.214621179 4.593028574 5.677548614 5.07944895 -1.55382858 -1.245852961 TCGA-24-1417 Null 238 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free IV Yes CR WO Yes -0.703171355 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO -0.077365521 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/WO 0.406813134 High High/IV High/Yes High/CR High/WO B No_CNA Gain No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA 4.319201314 6.188524406 6.608461491 7.050176642 4.292021343 7.626013214 4.915112932 7.530013459 8.106078376 6.558302406 9.281752208 5.832923547 11.33725211 4.981804059 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CR W Yes -0.382469782 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.319773624 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.307200117 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA 4.778244906 4.835146977 5.309779692 6.25071362 3.877952748 7.690607619 3.975263643 6.883862713 8.576056406 7.347944359 9.140345815 5.293669997 10.93741691 5.194004305 13.23315176 5.427122953 4.605765915 8.60260714 7.257602321 -1.651460909 -0.771332374 TCGA-24-1431 583 583 G3 IIIC 1-10_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.054790931 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.242140337 High High/III High/Yes Null High/W 0.015971662 Low Low/III Low/Yes Null Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.432293898 5.043461067 4.939548637 6.558900265 4.348486793 7.39913043 4.335410664 7.868910513 7.851789447 7.801970182 8.061475026 6.827051513 12.18269296 5.64906084 14.03174376 6.067296412 4.82156274 5.55338019 5.356990161 -1.226002256 -0.225558638 TCGA-24-1464 379 379 G3 IIIC >20_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.634406286 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.015504849 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.029772399 Low Low/III Low/Yes Null Low/W C No_CNA Gain Loss Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.630809132 5.003703704 6.381794553 6.830571105 5.553645581 8.675828066 4.104262969 8.371611822 6.763033712 6.241297306 9.183948954 5.701145889 11.85317781 5.103652553 13.55241979 5.226761884 4.610369657 6.731511519 5.519660869 -1.207793285 -0.33367578 TCGA-24-1466 1373 1373 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.447159076 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.225569178 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.01998989 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.427454032 4.578589674 5.873997777 6.783414337 3.930080293 8.698005142 4.5488252 7.442684874 7.609267692 6.731785026 9.201533181 5.030490299 12.51711999 5.453573993 14.16785919 5.930432375 4.578195756 7.828608374 7.417819584 -0.996435547 -0.723517541 TCGA-24-1469 Null 277 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes -0.277376509 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO -0.238407766 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO -0.013546787 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.249986793 5.491661441 5.944024969 8.460539137 4.69462697 8.567520143 4.038040179 7.730746559 8.904732366 7.24438721 8.532822584 5.970531478 11.7409043 5.157208267 13.61833262 5.716904403 4.765530665 8.325330803 6.932610898 -1.227405684 -0.911317772 TCGA-24-1471 Null 36 G3 IIIC >20_mm Null Null III Yes Null Null Null -0.248487987 Low Low/III Low/Yes Null Null -0.117632689 Low Low/III Low/Yes Null Null -0.012818871 Low Low/III Low/Yes Null Null C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.700082797 4.721156152 5.10373826 5.602471999 4.397842248 6.800355968 3.493448335 7.179044069 8.148914852 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5.99927249 -1.301216563 0.767960354 TCGA-24-1544 820 820 G3 IIIC 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.526568888 High High/III High/Yes High/No High/W -0.261494936 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.027159076 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.392340485 5.076581417 5.081207747 6.625482 4.866933832 8.321152038 4.379083894 7.821756079 8.36022514 6.930048431 8.212165946 4.902502362 12.45642409 5.565191475 14.19500117 6.419791381 4.568939827 5.357663073 5.899654688 -1.326220593 -0.473895715 TCGA-24-1549 1721 1721 G3 IIIB Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes 0.230393054 Low Low/III Null Low/CR Low/W -0.189927571 Low Low/III Null Low/CR Low/W 0.096558752 High High/III Null High/CR High/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.270757702 5.577324057 6.003634056 7.753529959 5.860519549 8.46944458 4.278462503 7.271385372 8.673567232 6.818853826 8.694643759 5.317051635 11.24770634 5.20107805 13.37003341 5.712806526 4.627317938 8.396772164 5.63508111 -0.97139638 -0.886263198 TCGA-24-1550 1249 1249 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.441883509 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.310451109 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.021421316 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.382713728 5.743107828 6.403765693 7.010922102 3.46563615 8.147721671 4.616626465 6.937349303 7.304031656 6.538143335 9.009516505 5.066196254 10.37430048 4.664139204 13.17809754 4.440864346 4.612539661 6.583697819 5.693012306 -1.12044221 -1.352131618 TCGA-24-1551 1579 1579 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.234790677 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.311436717 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.071072196 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.354332928 5.095343899 5.9366675 7.065924735 3.982760627 7.858065063 4.002013715 7.24809087 7.94145083 7.271736999 8.35386186 6.603931428 11.95965724 5.144605617 14.56533509 4.840355752 4.640340784 6.040107898 6.674682451 -1.184246029 -0.451959563 TCGA-24-1553 1767 1767 G3 IIIB 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.002727618 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.16471102 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.087059896 High High/III High/Yes High/CR High/W B Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.46335873 5.040284704 5.627196542 6.494539699 3.765424511 8.194555937 4.336934854 7.138411025 7.476863606 6.497406865 9.004832178 5.407088372 12.56711647 5.485872716 14.81715704 6.60304788 4.623270543 7.261841589 5.901430093 -1.363941286 -0.829620509 TCGA-24-1555 2692 2692 G3 IIIC Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes -0.72289622 Low Low/III Null Low/CR Low/W -0.030864215 Low Low/III Null Low/CR Low/W 0.596716214 High High/III Null High/CR High/W B Loss Gain No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.654383531 5.274834105 4.932344801 6.222478901 4.166156645 7.057319175 3.889973267 7.265630354 8.232004527 7.590222563 8.804270681 5.63596066 11.48940838 5.191989576 13.52758525 5.710239246 4.624674219 8.579883593 7.315431958 -0.816103563 -0.998684015 TCGA-24-1562 1384 1384 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.666793105 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.160661387 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.006473494 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.907828078 5.162239645 5.723160855 5.650958157 4.360774495 7.291569809 3.72078585 6.300089977 6.960876825 6.554125551 8.955696373 5.731549172 10.6851371 4.692073351 12.89807122 5.064992238 4.627377748 7.10691457 6.489904241 -0.965246459 -0.906137892 TCGA-24-1564 787 787 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.170949346 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.172021595 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.030847806 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.623332743 5.796421197 7.313110136 6.752754871 3.796163812 8.764804485 4.728114204 7.438264441 8.282221958 6.845114715 8.28056619 5.511367058 12.40913443 5.321627592 13.83993892 5.753919163 4.638121341 8.025609394 6.376015017 -0.866874567 -0.988741808 TCGA-24-1603 2742 2742 G3 IIIB Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes -0.19874882 Low Low/III Null Low/CR Low/W -0.12741444 Low Low/III Null Low/CR Low/W 0.010218677 Low Low/III Null Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.863543539 5.352965722 5.81614461 7.515132421 3.570270103 7.82109575 4.356916552 7.83291058 9.020650902 7.632178848 9.142893884 5.039377541 12.06132106 5.454629399 14.08543999 5.692450768 4.593087817 7.761249563 6.611056588 -1.121465362 -0.578033185 TCGA-24-1604 2687 2687 G3 IIIC Null Complete_Remission With_Tumor III Null CR W Yes -0.201384515 Low Low/III Null Low/CR Low/W -0.202922555 Low Low/III Null Low/CR Low/W -0.229639487 Low Low/III Null Low/CR Low/W C Loss No_CNA Loss Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.425178119 5.599637871 5.43392807 7.416244613 4.221366598 8.155960828 5.613044372 8.297380207 7.532460684 7.004978553 8.836060085 5.093123942 11.7522595 5.549137058 14.1373133 6.47254816 4.596065623 8.564524819 6.520267154 -0.768587062 -0.89917697 TCGA-24-1614 1470 1470 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.690588378 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.575667869 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.025883661 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.321155893 4.375692271 5.947049993 7.427301845 5.784591017 8.0977875 4.666536524 7.236082532 8.294511657 7.215904724 8.348124878 5.596421445 11.26694144 5.261500289 13.98807677 5.979606572 4.600976139 7.633035184 6.568412813 -0.884646992 0.517529795 TCGA-24-1842 Null 253 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes 0.504013484 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.581638423 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.540299031 High High/III High/Yes High/CR High/WO B Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain 3.361737539 4.578071464 5.761499291 6.591448043 3.636464874 8.257423237 3.663984962 7.633032127 7.338560126 7.752382995 8.839974161 5.689494156 11.51375832 5.423772069 13.61590972 6.71651019 4.559520086 9.64441464 7.693906752 -1.670555748 -0.550403654 TCGA-24-1849 Null 175 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes -0.012317479 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO 0.392121043 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.023132854 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO B Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.81809911 5.109274007 7.409896776 5.634620418 3.372551986 8.209109434 4.402805983 6.557903735 7.009027102 6.657339059 8.486023459 5.193294572 9.373609372 4.672881218 11.89900939 4.813656787 4.598467065 8.444501521 7.024147669 -0.535226557 -0.283724194 TCGA-24-1850 Null 167 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes 0.662959657 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.069459058 High High/III High/Yes High/CR High/WO -0.027680216 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO C Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.57886765 5.012132267 6.820120225 7.512080712 3.606727801 8.982355643 3.703343248 7.310896056 7.733140518 6.600233935 8.393666315 5.294386232 12.03743228 5.325496091 14.36372302 4.981622555 7.959743025 5.682200037 5.618431574 -1.08324781 -0.455724482 TCGA-24-1852 2201 2201 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.045605418 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.164213091 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.185787422 High High/III High/Yes High/CR High/W A Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.19953142 5.439455032 6.074622827 8.397350705 3.610481388 8.265132558 3.969348752 7.950926758 7.352127638 8.058075976 9.137519033 7.418220263 12.13996112 5.585599175 14.29159042 6.099636347 4.587625287 4.807141564 4.256511094 -1.179613236 -1.12100443 TCGA-24-1927 499 499 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.08645203 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.322562913 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.730805148 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Null Null Null Null Null Null Null Null Null Null Null 6.411683198 11.32728373 5.089140408 12.95889916 5.296146677 4.632662606 8.241298792 6.148404046 -1.272979542 -1.193502568 TCGA-24-1928 336 336 G3 IIIC 11-20_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes 0.589238836 High High/III High/Yes High/No High/W -0.411796533 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.043507318 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.245074779 5.217454121 5.885621534 6.30570233 3.901536277 8.641929579 5.171698008 7.694280405 8.120691136 7.124302934 8.472219565 7.009008184 12.2238574 4.969439274 13.74413611 5.439160577 4.567541393 8.05814047 7.032085525 Null Null TCGA-24-2029 439 439 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.332169457 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.22597243 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.114826009 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.357984564 4.739769796 6.030602314 6.263845993 3.356495493 7.567358824 4.130385172 7.135155333 7.428714267 6.185686372 8.332984964 5.712092615 11.4166625 4.783955383 13.10556445 5.267961286 4.624096688 7.213166876 6.1869606 -0.790856181 -1.121822779 TCGA-24-2036 1947 1947 G3 IIIA 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.203217743 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.530688881 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.02555109 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.410994849 4.686247774 7.200045632 6.913426245 4.08461021 8.223409905 4.352717392 7.196949053 9.120715653 8.106066871 8.404892991 5.734461126 12.00396647 4.969885378 13.83716074 5.650952683 4.649274301 7.196570657 5.75364795 -1.457118713 -0.021473113 TCGA-25-1313 819 819 G3 IV 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor IV Yes CR W Yes -0.621917076 Low Low/IV Low/Yes Low/CR Low/W 0.303237094 High High/IV High/Yes High/CR High/W 0.417500111 High High/IV High/Yes High/CR High/W A No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain 3.368711998 5.661528261 6.145567133 6.377902094 4.845970159 7.717493713 4.499477565 6.994222816 7.662866527 7.4051651 9.639532595 7.270171604 12.4203502 5.117188155 13.88919411 4.83394823 4.63868409 9.514256527 7.949734297 -1.140031488 -0.909601231 TCGA-25-1315 1583 1553 G3 IIIC 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.623580473 High High/III High/Yes High/No High/W 0.20696115 High High/III High/Yes High/No High/W -0.076454962 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.279979473 5.572759083 6.021149429 7.757622668 4.070120944 8.073716808 4.162834456 7.472178281 8.300643301 7.335008777 8.567225462 7.353745351 13.29507902 5.335877821 14.55023458 5.435749548 4.644397707 4.723928755 4.859009273 -1.085408997 -1.181975826 TCGA-25-1317 68 31 G3 IIIC Null Null Null III Null Null Null Yes -0.712671487 Low Low/III Null Null Null -0.091493791 Low Low/III Null Null Null -0.015057848 Low Low/III Null Null Null C Gain Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.418239313 5.438453042 5.997248321 6.069932044 3.516540327 7.297270764 3.900196199 7.278657883 6.44544053 6.945426868 7.723036561 6.181675163 10.98994977 5.054941348 13.20658546 5.570635883 4.676381541 5.940514078 5.243892307 Null Null TCGA-25-1320 1154 1124 G3 IIIC 1-10_mm Progressive_Disease With_Tumor III Yes No W Yes -0.335901695 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.130050729 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.28390916 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss 3.915798158 4.795045997 6.350090474 6.984662437 3.792342702 9.686805802 4.540805827 7.180662827 7.969239565 7.225424285 7.981078585 6.644118064 10.27894711 4.656518942 12.64944251 4.773078291 4.647325468 5.701485371 5.213566789 -1.375540658 -0.701301521 TCGA-25-1321 1033 1033 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes 0.706587448 High High/III High/No High/CR High/W 0.375606177 High High/III High/No High/CR High/W -0.001604794 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.813036934 5.010193261 5.711866068 7.599870516 3.974309638 8.215363545 4.833433015 7.765078354 7.421575246 7.392198832 8.335477726 4.782112102 13.05542359 6.285118565 14.76404651 7.288194625 4.523683405 6.174143035 5.565728659 -1.526624963 -0.144062221 TCGA-25-1322 91 91 G3 IV >20_mm Null With_Tumor IV Yes Null W Yes 0.417288862 High High/IV High/Yes Null High/W 0.192299172 High High/IV High/Yes Null High/W -0.134975506 Low Low/IV Low/Yes Null Low/W C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.147860142 4.716544649 5.899504442 7.524938237 3.531427986 8.436718912 4.432096204 6.981489676 8.033931413 7.380912698 8.845567097 4.276903547 12.13554337 5.135216822 14.02499153 4.893024487 4.624599499 6.846427676 7.272504392 -1.580006764 0.306959109 TCGA-25-1323 395 365 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes 0.403439558 High High/III High/Yes High/CR High/W -0.139659886 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.041893648 High High/III High/Yes High/CR High/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Loss Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.345804113 5.179058044 5.769015358 7.615435106 3.728056061 7.966488114 3.898430802 7.261461828 7.617092888 7.868822178 9.110848547 4.717015807 12.1594425 5.252539332 13.8500501 9.337589718 4.580578409 5.995803916 5.355979318 -1.433272447 -0.981360786 TCGA-25-1325 976 976 G3 IV >20_mm Null Null IV Yes Null Null Null 0.565829345 High High/IV High/Yes Null Null 0.626024944 High High/IV High/Yes Null Null -0.351688499 Low Low/IV Low/Yes Null Null C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.469870569 5.475078929 4.803936676 7.432348192 4.74294835 8.334270421 5.382643023 7.900412553 7.439298778 7.893068272 9.740742613 4.267537464 12.85953492 5.617475843 14.46884446 6.183481717 4.602515646 9.782748355 8.48781903 -1.465025913 -0.453525861 TCGA-25-1623 565 565 G3 IV No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor IV No CR W Yes 0.352198506 High High/IV High/No High/CR High/W -0.125080449 Low Low/IV Low/No Low/CR Low/W 0.013201117 Low Low/IV Low/No Low/CR Low/W C Gain No_CNA Loss No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Loss Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.415287755 5.134677146 6.552946017 6.741636195 3.397375907 7.78155032 4.386745051 7.935593659 7.339709624 6.541747604 8.205352683 5.677964381 11.10093432 4.939727873 12.77680275 5.111375653 4.618869638 7.336875993 6.466851636 -1.293505104 -0.507705547 TCGA-25-1626 517 480 G3 IIIC >20_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.400038334 High High/III High/Yes High/No High/W -0.132710787 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W -0.0731413 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.123617984 4.984919843 6.401478243 6.139856703 3.564431425 8.276139176 4.610534443 6.915442866 7.655990087 6.112858006 8.044256193 4.880718693 11.18034642 5.083648722 13.07607419 5.282970122 4.597545056 6.47051662 6.440546487 -1.144121194 -1.065621184 TCGA-25-1877 730 549 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.80292825 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.116382727 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.036215058 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C No_CNA Gain No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.03633747 5.18886121 5.347136071 7.353203777 3.508638416 7.650763512 3.708248046 6.900086812 8.915337091 5.388706842 6.946241738 6.921292748 11.02952811 4.711420458 12.8472979 4.736523687 4.669171839 5.411065603 4.808912934 Null Null TCGA-25-2399 608 608 G3 IIIC >20_mm Partial_Remission With_Tumor III Yes No W Yes 0.263254404 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W 0.091820388 High High/III High/Yes High/No High/W -0.021150735 Low Low/III Low/Yes Low/No Low/W B Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.871486234 5.30490733 5.991532139 6.667970284 4.364967531 7.677818552 3.766466935 7.574797108 7.089722663 7.346947992 8.509930089 6.083710075 10.92950443 5.060834349 12.89133939 6.022223316 4.558376629 8.25580837 5.819553343 -1.134908136 -1.293553407 TCGA-25-2408 942 942 G2 IV 1-10_mm Partial_Remission With_Tumor IV Yes No W Yes -0.10811317 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.192748294 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W -0.033784562 Low Low/IV Low/Yes Low/No Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.730284375 5.049942915 7.291915567 6.180956566 3.941448502 7.591170996 4.588678041 7.48083925 7.891237936 7.358253859 8.618283776 5.558748242 11.40959161 4.937261339 13.86580108 4.907408143 4.667052086 6.00911572 6.439483021 -0.75398999 -0.373095558 TCGA-29-1693 Null 3095 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.26257668 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.228413812 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.020838162 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.690151154 5.208711102 5.366009184 6.428101352 3.625193907 7.776833392 3.616976044 7.244894536 8.238729224 7.234500836 8.815844705 6.439020251 11.6594245 5.240637494 13.55815937 5.585915054 4.662280655 6.923916536 5.774819711 -0.946305909 -0.86995506 TCGA-29-1704 Null 1587 G3 IIIC 11-20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.551290345 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.155492435 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.418952459 High High/III High/Yes High/CR High/W B Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 5.136172421 5.748475622 6.442382288 6.492075418 3.397267133 7.503375932 3.59373954 6.621622319 8.789509964 6.798494148 10.01334568 3.969940738 11.93324706 5.437898011 14.22143313 5.97708038 4.652624274 9.565861855 8.335181748 Null Null TCGA-29-1711 Null 1053 G2 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes -0.379834109 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.18829683 High High/III High/No High/CR High/WO 0.022348271 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO B Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.269418644 5.781505998 6.090697343 5.580561178 3.490184098 8.250628478 4.324386864 7.670337271 7.046925317 6.520265458 9.040412475 7.295884934 11.51529911 5.032458573 13.86490795 4.672705719 4.606984898 9.036175224 8.074961761 -0.81558742 -0.959045606 TCGA-29-1771 Null 685 G2 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.052477413 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.158693163 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.131586931 High High/III High/Yes High/CR High/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.63547801 5.057082139 7.441343447 5.107599422 3.492270319 8.29248355 4.286988032 7.99160099 8.705488961 7.636272578 9.051518138 4.318832231 11.49868983 5.010858435 13.72354648 5.496991043 4.58652776 6.415417824 6.140136296 -1.275483799 -0.519470098 TCGA-29-2427 Null 1900 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.412561478 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W 0.067925195 High High/III High/Yes High/CR High/W 0.005028749 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W B No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.356447 5.126968299 6.072654378 5.746109559 3.534234123 7.759385664 5.600373356 7.92631337 7.942763079 6.898126946 8.79906458 5.052428147 10.26966467 4.776529224 12.77335086 5.169924314 4.586817908 10.16706192 7.98831315 -1.179455341 -0.459494579 TCGA-29-2428 Null 1372 G3 IIIC >20_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Yes 0.57633143 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.430521187 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.01032285 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO C Loss No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain Loss Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.66199974 4.726016669 6.051926648 7.173295437 3.431418027 8.405827039 4.018740975 7.126309825 7.726036112 7.653494028 9.127081375 5.472190818 12.769881 5.944337551 14.60765552 5.766001533 4.578114109 6.387121314 6.359517145 -1.468751043 -0.690379637 TCGA-29-2429 421 148 G3 IIIC >20_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.522061159 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.014452273 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.022161724 Low Low/III Low/Yes Null Low/W C Loss No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.46847216 5.415027868 8.901594553 6.82365169 4.011561178 7.816693657 4.70515966 7.785139028 8.727510857 7.927299004 9.508877022 4.757054514 11.31984322 5.250349564 12.91160568 6.091823679 4.645407301 6.464716652 5.122016168 -1.13714989 -0.986992914 TCGA-31-1959 Null 66 G2 IV Null Null With_Tumor IV Null Null W Yes 0.589328518 High High/IV Null Null High/W -0.195737649 Low Low/IV Null Null Low/W -0.479183398 Low Low/IV Null Null Low/W C Loss No_CNA No_CNA Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 5.309821455 5.361232868 7.214446009 7.095177271 3.447557737 8.294338608 4.600050705 7.694379462 7.762799492 7.051460884 8.784219269 5.006167623 13.19500791 5.837766445 14.63496763 5.709197869 4.583941385 6.26328375 5.964757271 Null Null TCGA-36-1580 737 737 G3 IIIC >20_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes 0.687493592 High High/III High/Yes Null High/W -0.090052851 Low Low/III Low/Yes Null Low/W -0.046471121 Low Low/III Low/Yes Null Low/W C Loss No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.777782747 4.882169955 5.908623232 5.568670781 3.664876591 8.315649883 4.293790577 7.783140929 8.208390661 6.826495052 8.213498374 5.526507066 12.16176524 5.422574796 14.11287791 5.530322256 4.610872842 6.162856882 6.240366996 -0.943546657 -0.671110874 TCGA-36-2545 Null 557 G3 IIIA No_Macroscopic_Disease Null Tumor_Free III No Null WO Yes -0.683471657 Low Low/III Low/No Null Low/WO 0.260770818 High High/III High/No Null High/WO 0.598866139 High High/III High/No Null High/WO A Loss Gain Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain 7.04183876 5.411229081 6.475417536 7.68049152 3.212688587 7.788604937 3.628520855 8.362504247 10.40226655 8.104809239 9.820611478 5.541787372 10.9306052 5.163845176 13.42924112 5.697727896 4.648055383 8.483932962 6.561426642 -1.014364055 -1.127914619 TCGA-57-1586 Null 679 G3 IIIC 11-20_mm Null With_Tumor III Yes Null W Yes -0.452557325 Low Low/III Low/Yes Null Low/W 0.135379372 High High/III High/Yes Null High/W -0.098638608 Low Low/III Low/Yes Null Low/W B Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.375318025 4.866886681 6.325610013 6.282833776 4.087190233 8.26080729 4.027773064 6.962477021 7.010101725 10.02616763 8.516782798 4.943133545 12.26993303 5.176016082 14.31308546 5.803128617 4.548794112 7.338941914 6.101738326 -1.335640478 -0.751113614 TCGA-59-2351 Null 3532 G3 IIIC 1-10_mm Complete_Remission Tumor_Free III Yes CR WO Null 0.098663171 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/WO 0.369630371 High High/III High/Yes High/CR High/WO 0.371628558 High High/III High/Yes High/CR High/WO A No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain 3.318876374 5.040188032 6.221189122 7.077519377 4.823558888 8.096798141 5.676651941 8.231813856 7.3288665 8.15153347 8.876258285 4.495853226 11.75217036 5.128766061 14.03368882 5.156400804 4.593746235 7.312734336 5.826263718 -1.471096083 -0.912468847 TCGA-59-2352 286 286 G3 IIIC Null Null With_Tumor III Null Null W Null 0.706759245 High High/III Null Null High/W -0.071653941 Low Low/III Null Null Low/W 0.192327909 High High/III Null Null High/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain No_CNA Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA Loss Loss Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain No_CNA No_CNA 4.705109657 5.265037816 5.851323474 7.2261655 4.679458086 9.068498672 5.888702286 8.359090806 6.667712748 6.409550204 7.658479873 4.855586726 12.30510093 5.428297555 13.53412944 6.138480015 4.586928016 6.583891081 5.638566903 -1.245330263 -1.135471572 TCGA-59-2355 65 65 G3 IV >20_mm Null With_Tumor IV Yes Null W Yes -0.548233358 Low Low/IV Low/Yes Null Low/W -0.027428884 Low Low/IV Low/Yes Null Low/W -0.017336853 Low Low/IV Low/Yes Null Low/W C No_CNA No_CNA Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss Loss Loss No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.447700741 5.507468872 6.517584454 5.599310061 3.877981758 8.352331345 4.240641121 7.250103064 7.487170144 7.26813961 8.903126562 4.651107649 11.63593943 5.167940788 13.59047081 5.474471797 4.629533152 7.340754821 7.10648071 Null Null TCGA-59-2363 Null 164 G3 IIIA No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes 0.330064406 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO -0.195892866 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO 0.017626382 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA Loss Loss Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Gain Loss Gain Gain Gain Loss Loss No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 4.610369302 5.478443649 5.581341624 8.297363553 4.082680199 9.19751383 5.264159507 8.304922087 8.636655041 6.121823264 9.078051915 5.370680264 11.07848879 4.851495291 13.50886311 5.154299769 4.607342407 7.996238133 5.389061364 -1.22301743 -1.174307711 TCGA-61-1916 475 475 G2 IIIC 1-10_mm Null Null III Yes Null Null Yes 0.471647281 High High/III High/Yes Null Null 0.055522114 High High/III High/Yes Null Null -0.030902648 Low Low/III Low/Yes Null Null C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA Gain Gain Loss Gain Gain Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.160161643 4.785057089 5.707752377 7.380280055 4.35135526 7.952811085 4.625182757 7.467299439 8.388697909 8.080681251 8.87612383 5.862787752 11.72039156 5.542503747 14.00251967 5.521566033 4.580164262 4.670432527 5.236659363 -1.48929989 -0.776736149 TCGA-61-2017 Null 1398 G1 IIIC 1-10_mm Complete_Remission With_Tumor III Yes CR W Yes -0.03606337 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.021289515 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W -0.015133518 Low Low/III Low/Yes Low/CR Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.737911704 4.937191322 7.33854394 5.655159676 3.523897508 7.20734043 3.673421122 7.092128039 8.458402983 7.29314086 8.190566353 5.015454118 12.46136057 5.428820382 14.080103 5.903370956 4.611373844 7.582413588 6.329397472 -1.259010217 -1.169898972 TCGA-61-2092 Null 1573 G3 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission Tumor_Free III No CR WO Yes -0.057303905 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO -0.143209747 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO -0.017390143 Low Low/III Low/No Low/CR Low/WO C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.456664612 4.969072563 5.019462966 5.493092307 4.167227781 7.200108661 3.608496347 8.181945218 8.34027391 8.059622546 8.143724027 6.735622994 11.83509323 5.593665715 13.50976272 5.957951056 4.603697934 8.030627873 5.838952539 -1.261845216 -0.610277889 TCGA-61-2095 1875 1875 G2 IIIC No_Macroscopic_Disease Complete_Remission With_Tumor III No CR W Yes -0.099563233 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.117842631 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W -0.05478516 Low Low/III Low/No Low/CR Low/W C No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Loss No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA Gain No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA No_CNA 3.885913423 4.969638851 7.19228875 4.919463488 4.385771052 7.759436665 4.356873445 7.046183463 7.595711745 7.017769094 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